| ２０１６年１２月 | |
|---|---|
| ４ | Ｊ１への復帰が決定 |
| ５ | ２０１７シーズンの監督に尹晶煥が就任 北野貴之が退団（契約満了） 玉田圭司が退団（契約満了） |
| ６ | 中澤聡太が退団（契約満了） |
| ７ | 田代有三が退団（契約満了） |
| ９ | マテイ・ヨニッチが加入 |
| １６ | 小谷祐喜がロアッソ熊本へ移籍（完全） |
| ２０ | 橋本英郎が東京ヴェルディへ移籍（完全） |
| ２２ | 福光隆貴がレノファ山口ＦＣから加入（完全） 平野甲斐がアーミー・ユナイテッドＦＣへ移籍（完全） |
| ２６ | 武田博行が東京ヴェルディへ移籍（期限付き） |
| ２７ | 圍謙太朗がＦＣ東京から加入（完全） 米澤令衣がレノファ山口ＦＣへ移籍（期限付き） 前川大河が徳島ヴォルティスへ移籍（期限付き） 小暮大器が愛媛ＦＣへ移籍（完全） |
| ２８ | ベサルトアブドゥラヒミが退団（期限付き移籍期間満了） |
| ３０ | ソウザが加入（完全移籍に切り替え） |
| ２０１６年１１月 | |
| １ | 茂木秀が加入内定 |
| １５ | 山内寛史が加入内定 |
| ２２ | 山根永遠が加入内定 |
| ２０１６年１０月 | |
| １１ | 山口蛍が明治安田生命Ｊリーグ月間ＭＶＰのＪ２リーグ９月度を受賞 |
| ２０１６年９月 | |
| ２７ | 大山武蔵が加入内定 |
| ２０１６年７月 | |
| １ | 扇原貴宏が名古屋グランパスへ移籍（完全） |
| ６ | アンジュンスが加入 |
| ８ | ブルーノメネゲウが長春亜泰足球倶楽部へ移籍（完全） |
| １７ | 橋本英郎がＡＣ長野パルセイロへ移籍（期限付き） |
| ２３ | 小谷祐喜がロアッソ熊本へ移籍（期限付き） |
| ２６ | ベサルトアブドゥラヒミがスポルティング・ロケレンから加入（期限付き） |
| ２０１６年６月 | |
| １９ | 山口蛍がハノーファー９６から加入（完全） |
| ２０１６年１月 | |
| ４ | 柿谷曜一朗がバーゼルから加入（完全） |
| ７ | 前川大河が徳島ヴォルティスへ移籍（期限付き） |
| ８ | 松田陸がＦＣ東京から加入（完全） |
| １１ | 山村和也が鹿島アントラーズから加入（完全） |
| １４ | リカルドサントスが加入 ソウザがクルゼイロＥＣから加入（期限付き） ブルーノメネゲウが加入 平野甲斐のアーミー・ユナイテッドＦＣへの移籍期限が延長 パブロが退団（契約満了） エジミウソンが退団（契約満了） マグノクルスが退団（契約満了） |